分析内容
1.数据产出统计与质控
2.蛋白质鉴定分析
3.蛋白质定量分析
4.蛋白质GO分析
5.蛋白质Pathway通路分析
6.蛋白质COG分析
7.差异蛋白的GO富集分析
8.差异蛋白的Pathway通路富集分析
9.差异蛋白的COG富集分析
样本类型
细胞，组织，尿液，全血，血清，血浆，总蛋白等
建议总蛋白起始量（单次）：≥ 500 μg，浓度≥1μg/μL
代表性文章
1.Wang L，et al. Proteome profiling reveals immune responses in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus) infected with Edwardsiella tarda by iTRAQ analysis. Fish Shellfish Immunol. 2017 Jul;66:325-333. doi: 10.1016/j.fsi.2017.05.022
2.Zhang G, Zhang J, Wen X, et al. Comparative iTRAQ-based quantitative proteomic analysis of Pelteobagrus vachelli liver against acute hypoxia: Implications in metabolic responses.[J]. Proteomics, 2017.
3.Li R, Yu H, Yue Y, et al. Combined proteomics and transcriptomics identifies sting-related toxins of jellyfish Cyanea nozakii.[J]. Journal of Proteomics, 2016, 148:57.
4.Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01. Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
5.Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01. Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
6.Wang C, Liu C, Wei L, Shi L, Pan Z, Mao L, Wan X, Ping Z, Jiang T, Chen Z. (2016) A Group of Novel Serum Diagnostic Biomarkers for Multidrug-Resistant Tuberculosis by iTRAQ-2D LC-MS/MS and Solexa Sequencing. International Journal of Biological Sciences 12(2), 246-256.
7.Cui Y, et al. (2016) Transcriptomic/proteomic identification of allergens in the mite Tyrophagus putrescentiae. Allergy.DOI:10.1111/all.12999
8.Cao JY, et al. (2016) TMT-based quantitative proteomics analyses reveal novel defense mechanisms of Brassica napus against the devastating necrotrophic pathogen Sclerotinia sclerotiorum. J Proteomics. doi: 10.1016/j.jprot
结果展示
KEGG注释
根据KEGG注释总表，可以对注释到KEGG的差异蛋白总体情况进行Unigene数目的统计。
KOG/COG注释
COG（Clusters of Orthologous Groups of proteins），即同源蛋白簇。一般原核 生物用COG，真核生物用KOG。COG注释作用：1. 通过已知蛋白对未知序列进行功能注释；2. 通过查看指定的COG编号对应的protein数目，存在及缺失，从而能推导特定的代谢途径是否存在； 3. 每个COG编号是一类蛋白，将query序列和比对上的COG编号的proteins 进行多序列比对，能确定保守位点，分析其进化关系。
GO富集分析
GO分为三个功能：生物进程（biological process） 细胞组成（cellular component）分子功能（molecular function）。一般进行分析时，会 取前50个差异较为明显的蛋白绘制GO注释图。分别对应这三个功能的差 异蛋白数量为25个，15个以及10个。
蛋白质network网络构建
蛋白与蛋白的互作关系一般用String软件绘制，String可以用来查找蛋白间的作用关系及作用强度，同时也可以查看单个蛋白与其他相关联的上下游关系，可以为老师研究蛋白互作关系提供思路 。
案例展示
转录组及蛋白质组学技术分析益生菌唾液乳杆菌LI01的胆汁应激反应
研究背景
最近发现几种唾液乳杆菌菌株，表现出良好的益生菌性质，如抗菌活性，炎症调节，甚至是肿瘤性病变减少等。从健康人体内分离的唾液乳杆菌LI01已经在预防和治疗肝衰竭中表现出了益生菌性质。对胆汁的耐受对于乳杆菌在胃肠道中的存活和发挥其益处至关重要。
研究结果
通过转录组测序和iTRAQ蛋白质组定量分析后发现，与空白对照相比，添加ox胆汁溶液培养的LI01菌株中检测到591个差异表达的基因和347个差异表达的蛋白质。利用GO和KEGG分析，发现差异表达的基因主要参与胁迫应答，糖酵解和转运以及诸如碳水化合物代谢和氨基酸生物合成等途径；差异表达的蛋白质主要参与DNA修饰、基因 表达和细胞组分降解和代谢过程的调节。
图 差异表达基因及差异表达蛋白质的KEGG富集分析
研究还发现，LI01的胆汁耐受能力是基于高度重塑的细胞包膜以及增强的胆汁外排系统，而不是基于胆盐水解酶的活性。一些差异表达的基因是与调节系统即应激反应和中枢代谢过程相关的基因，也在胆汁诱导的损伤预防和能量效率中起作用。此外，胆汁盐似乎增强了LI01的蛋白水解和氨基酸摄取（特别是芳香族氨基酸）能力，这个结果表明该菌株具有肝保护的性质。
总而言之，本研究的开展建立了唾液乳杆菌LI01中胆汁应激的全局反应机制的模型。
参考文献
Lv LX, et al.(2016) Integrated transcriptomic and proteomic analysis of the bile stress response in probiotic Lactobacillus salivarius LI01.Journal of Proteomics. doi.org/10.1016/j.jprot.2016.08.021
