分析内容
1、数据质控：测序质量值分布统计；测序碱基质量控制；测序数据产出统计。
2. 可比对测序数据的获得
3. miRNA数据库以及测序物种基因组比对
4. 与其他RNA数据库的比对
5. 预测全新的miRNA
6. miRNA序列本身相关分析
7. miRNA定量分析，多样品miRNA的表达差异分析；差异表达miRNA筛选；差异表达miRNA统计；miRNA表达模式聚类分析（仅限多样本项目）。
8. 重复相关性检测(仅限生物学重复样本)。
9. 差异表达miRNA的靶基因预测（植物采用Targetfinder软件，动物采用Targetscan和miRanda软件0）
10. 差异表达miRNA的靶基因GO，KEGG注释与GO，KEGG富集性以及pathway 通路分析和pathway network分析。（仅限多样本项目）
差异表达miRNA的靶基因GO，KEGG注释与GO，KEGG富集性以及pathway 通路分析和pathway network分析。（仅限多样本项目）
样本类型
细胞，组织，体液、血清、血浆、全血，总RNA等
建议总RNA起始量：5 μg，最低2.5 μg，浓度≥120 ng/μL
样本类型
1.Wu S, Li Y, Chen S, Liang S, Ren X, Guo W, Sun Q, Yang X. (2017) Effect of dietary Astragalus Polysaccharide supplements on testicular piRNA expression profiles of breeding cocks. International Journal of Biological Macromolecules 103(1), 957-964.
2.Tritten L, Tam M, Vargas M, Jardim A, Stevenson MM, Keiser J, Geary TG. (2017) Excretory/secretory products from the gastrointestinal nematode Trichuris muris. Experimental Parasitology 178(1), 30-36.
3.Sun J, Yao L, Chen T, Xi Q, Zhang Y. (2017) The effect of dietary ginseng polysaccharide supplementation on the immune responses involved in porcine milk-derived esRNAs. bioRxiv [Epub ahead of print].
4.Ghorecha V, Zheng Y, Liu L, Sunkar R, Krishnayya NSR. (2017) MicroRNA dynamics in a wild and cultivated species of Convolvulaceae exposed to drought stress. Physiology and Molecular Biology of Plants 23(2), 291-300.
5.Li H, Peng T, Wang Q, Wu Y, Chang J, Zhang M, Tang G, Li C. (2017) Development of Incompletely Fused Carpels in Maize Ovary Revealed by miRNA, Target Gene and Phytohormone Analysis. Frontiers in Plant Science 8(1), 463.
案例展示
同源四倍体和二倍体水稻花粉发育过程中的小RNA分析与比较
1.研究背景
MicroRNAs (miRNAs)通过抑制其靶基因来调控植物基因的表达，且在植物生殖中起着重要的作用。然而，目前关于同源四倍体水稻miRNA组分析的研究是相当有限的。
2.研究结果
在这项研究中，研究人员运用小RNA测序对二倍体和多倍体水稻花粉发育过程中的miRNA组进行分析。研究结果表明，与二倍体水稻相比，四倍体水稻中共检测出172种差异表达的miRNAs（DEM），以及57种miRNA在同源四倍体水稻中特异性表达。在这172种DEM中，115种miRNA上调，61种miRNA下调。上调DEM的靶基因GO分析表明，它们的功能富集在减数分裂前间期的膜运输、减数分裂繁殖和单小孢子阶段的核苷酸结合。 osa-miR5788和osa-miR1432-5p_R+1在减数分裂时上调，它们的靶基因揭示了减数分裂相关基因的相互作用，也暗示了它们可能参与染色体行为相关的基因调控。此外，在同源四倍体水稻的花粉发育过程中，发现了丰富的与转座因子相关的24 nt 的siRNA；但是，它们在二倍体水稻中的含量明显下降，表明24 nt的siRNA在花粉发育中可能发挥作用。
图 花粉发育过程中不同阶段miRNA表达的Venn图分析
本研究的结果为miRNA在同源四倍体水稻花粉发育过程中所起的作用，以及其与花粉不育性之间的关系提供了新的见解，为理解小RNA表达谱对多倍体的影响奠定了基础。
参考文献
Li, et al. (2016) Comparative Small RNA Analysis of Pollen Development in Autotetraploid and Diploid Rice. International
Journal of Molecular Sciences. 17, 499; doi:10.3390/ijms17040499
