AAV 腺相关病毒
表观组学

miRNA芯片

  microRNA(miRNA)是一类长度约为22 nt的非编码小RNA,可以在转录后水平调控基因的表达。大量实验证据证实,miRNA几乎参与所有的生命活动,与动植物生长发育、抗逆反应,人类疾病的发生紧密相关,因而成为基础生物学、医学、临床诊断、以及药物研发的热点研究领域。

技术优势

微流体芯片平台
µParaflo®技术将高通量平行合成技术,微流体技术以及数字光化学合成定制芯片技术合为一体,可为用户出具相比于传统点样芯片更为可靠和准确的表达谱数据。

主动式动态杂交反应
基于µParaflo®微流体芯片技术,彻底改变了常规芯片被动式静态杂交反应过程,取而代之的是主动式动态杂交过程,使得杂交保持高度均一性。

最新最全的探针信息
联川生物始终是全球首家提供100%覆盖最新版miRBase数据库miRNA芯片检测服务的公司。

探针序列高度灵活
采用捕获效率更优异的Agilent Human SureSelect V6 kit(58M)进行外显子组捕获。

用户发表文章最多
用户已累计发表超过600篇miRNA研究文章。这些文章发表在包括Cell、Nature、Science系列在内的众多高水平学术期刊上。

芯片信息

依托µParaflo®微流体定制化芯片技术,我们可为您提供最新版miRBase报道的任意单个物种(如人,大鼠,小鼠,水稻,玉米,斑马鱼,家蚕等)或是物种组合(如哺乳动物集,植物集,鱼类集,昆虫集等)的miRNA表达谱检测。

技术路线

  • 样本RNA制备及检测
  • 标记
  • 杂交
  • 图像获取
  • 数据分析

分析内容

1.差异表达的microRNA列表
2.统计学分析(含P- value和差异倍数)及聚类分析。

样本类型

细胞,组织,全血,血清,血浆,总RNA等
建议总RNA起始量:5 ug 最低 1 μg,浓度:≥100 ng/μL。

近期用户文章

1. Xie H, Zhao Y, Zhou Y, Liu L, Liu Y, Wang D, Zhang S, Yang M. (2017) MiR-9 Regulates the Expression of BACE1 in Dementia Induced by Chronic Brain Hypoperfusion in Rats. Cellular Physiology and Biochemistry 42(3), 1213-1226.
2. Quan Y, Wang Z, Gong L, Peng X, Richard MA, Zhang J, Fornage M, Alcorn JL, Wang D. (2017) Exosome miR-371b-5p promotes proliferation of lung alveolar progenitor type II cells by using PTEN to orchestrate the PI3K/Akt signaling. Stem Cell Research & Therapy 8(1), 138.
3. Wang Y, Du J, Niu X, Fu N, Wang R, Zhang Y, Zhao S, Sun D, Nan Y. (2017) MiR-130a-3p attenuates activation and induces apoptosis of hepatic stellate cells in nonalcoholic fibrosing steatohepatitis by directly targeting TGFBR1 and TGFBR2. Cell Death & Disease 8(5), e2792.
4. Wang Y, Wu S, Yang Y, Peng F, Li Q, Tian P, Xiang E, Liang H, Wang B, Zhou X. (2017) Differentially expressed miRNAs in oxygen-induced retinopathy newborn mouse models. Mol Med Rep 15(1), 146-152.
5. Lukiw WJ, Rogaev EI. (2017) Genetics of Aggression in Alzheimer’s Disease (AD). Frontiers in Aging Neuroscience 9(1), 87.

结果展示

1.差异miRNA聚类分析
差异miRNA聚类分析用于判断miRNA在不同实验条件下调控的聚类模式。根据样品miRNA表达谱的相近程度,将miRNA进行聚类分析,直观地展示miRNA在不同样品(或是不同处理)中的表达情况,由此获取生物学相关信息。

miRNA靶基因GO富集柱状图
用于反映在生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function)富集的GO term上差异基因的个数分布情况。
2.差异Peak基因GO富集性柱状图
GO富集性分析结果柱状图反映在生物过程(biological process)、细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function)富集的GO term上差异基因的个数分布情况。

 
3.KEGG富集分析
散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。Rich factor表示位于该KEGG的差异基因个数/位于该KEGG的总基因数,Rich factor越大,KEGG富集程度越高。
 

案例展示

微生物侵染促进CRC癌细胞增殖和癌症发展
世界范围内约20%的癌症与病原菌感染相关。具核梭杆菌可以刺激上皮细胞转变为癌细胞导致癌症发生,但是此过程的具体发生机制是未知的。具核梭杆菌、大肠杆菌、 PBS分别处理HCT116和LoVo 细胞,发现具核梭杆菌处理明显促进两种肿瘤细胞系细胞增殖;具核梭杆菌处理的细胞在小鼠体内形成的肿瘤组织直径更大、更重。具核梭杆菌和PBS分别灌胃APC突变小鼠,具核梭杆菌灌胃的小鼠具有更多的腹腔积液、出现血性腹泻、肠道扩张和脾肿大症状,同时存活时间更短。解剖各组小鼠发现,小鼠肠道癌组织的数量更多,直径更大,同时癌细胞内增殖细胞核抗原表达上升血清炎症因子含量升高。具核梭杆菌和PBS分别分别处理四种结直肠癌细胞(CRC)系,miRNA芯片共鉴定102个差异表达miRNA,其中miR21差异最明显。细胞内敲低miR21表达后(miR21 inhibitors),细胞增殖和迁移能力受到抑制。通过多个数据库预测并结合荧光素酶报告基因实验,发现miR21的新靶基因RASA1。具核梭杆菌和PBS分别分别处理HCT118,KEGG 和 Reactome通路分析TLR4/MYD88/NFkB通路显著富集。并且NFkB亚基(P65、P50)磷酸化程度升高,TLR、 MYD88基因表达升高。沉默TLR4或MYD88可抑制NFkB的激活状态。
生信分析表明miR21编码基因上游启动子区具有NFkB转录因子结合位点:敲低P65可降低miR21表达;转录因子结合序列人工突变后miR21表达受影响;Chip表明miR21启动子区NFkB转录因子显著富集。具核梭杆菌侵染细胞后,依次激活TLR4/MYD88/NFkB通路,NFKB是转录因子信号通路,NFKB亚基P65亚基磷酸化并结合到miR21编码基因启动子区域,促使miR21转录。高表达的miR21与RASA1结合,抑制其抑癌基因功能,促进癌细胞增殖、迁移,加速癌症发展进程。

参考文献

Yang YZ,et al. (2017)Fusobacterium nucleatum Increases Proliferation of Colorectal Cancer Cells and Tumor Development in Mice by Activating Toll-Like Receptor 4 Signaling to Nuclear FactorLkB, and Up-regulating Expression of MicroRNA-21. Gastroenterology. 152:851–866.

常见问题


包含一段核酸序列和一段非核酸序列。该段核酸序列是由我司专利性的技术修饰
1.miRNA芯片上探针序列有几次重复?
对单物种的芯片,至少三次重复。对多物种的芯片,探针的重复次数因为探针数目的增多而减少,预定多物种探针之前请先联系我们。

2.miRNA芯片的检测探针是由什么合成的?它们的长度有差别吗?
每一个检测探针的,它可以增加对目的片段的检测能力。非核酸序列可以使核酸序列离开芯片基质,因而可以增强探针与目的片段的结合能力。检测探针的长度根据不同检测目标而改变。

3.修饰后的探针是否会使杂交的特异性降低了?
不会,通过大量的实验已经证明所采用的修饰方法会增强杂交反应的信号值但不会改变探针与目的片段的结合特异性。 每一张芯片上设置了检测杂交反应特异性的对照探针, 实验证明一个完全互补配对探针的信号强度是单碱基差异的探针信号强度的10倍。

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